Hipótesis del eocito

[2]​ Poco después se estableció la unidad de Archaebacteria (de las arqueas metanógenas) y Eocyta (termoacidófilos) en el llamado dominio Archaea (Woese 1990), que quedó conformado por los renombrados grupos Euryarchaeota y Crenarchaeota.

Una evidencia encontrada por un equipo japonés en 1989 encuentra relación entre eucariontes y arqueas en los factores de elongación EF-Tu y EF-G.[3]​ Luego se observa que esta relación es más cercana con Crenarchaeota, lo que da un gran respaldo a la hipótesis del eocito.

En 1992 se encontró evidencia en una proteína, el factor de elongación +11aa (EF-1α), que está presente tanto en eucariontes como en eocitos.

[12]​ Recientemente se ha descubierto un nuevo tipo de arquea denominada Asgard o Asgardarchaeota, la cual formaría también parte del clado Proteoarchaeota y tendría la mayor cercanía con los eucariontes y podrían ser sus ancestros.

Euryarchaeota Thermoproteota (TACK) Sifarchaeia Jordarchaeia Odinarchaeia Baldrarchaeia Thorarchaeia Hermodarchaeia Lokiarchaeia Wukongarchaeia Heimdallarchaeia Eukaryota