Atracción de ramas largas
[1] Este error ocurre porque la saturación de las secuencias, la homoplasia y la heterogeneidad composicional no se miden bien en el análisis.
Aunque no está bien estudiado, se sabe que la heterogeneidad composicional causa que los linajes de rápida evolución se agrupen así en los árboles debido a la composición en las secuencias de cobertura.
Por ejemplo, los microsporidios han simplificado extremadamente su ARNr haciendo que sus secuencias parezcan más divergentes comparadas con las de sus parientes próximos.
Se puede encontrar un ejemplo hipotético simple como Felsenstein en 1978, donde se demuestra que para ciertos árboles "verdaderos" desconocidos, algunos métodos pueden mostrar un sesgo para agrupar ramas largas, lo que en última instancia da como resultado la inferencia de una relación hermana falsa.
Cuando esto sucede, un análisis molecular puede interpretar erróneamente esta homoplasia como una sinapomorfía (es decir, evolucionar una vez en el ancestro común de los dos linajes).
[6] Se puede observar el efecto contrario, ya que si dos (o más) ramas exhiben una evolución particularmente lenta entre un grupo más amplio y de evolución rápida, esas ramas pueden mal interpretarse como estrechamente relacionadas.
[8] Un método simple y efectivo para determinar si la atracción de ramas largas afecta o no la topología de los árboles es el método SAW, llamado así por Siddal y Whiting.
Dado que las ramas largas no pueden atraerse entre sí cuando solo hay una en el análisis, la colocación constante de taxones entre tratamientos indicaría que la atracción de ramas largas no es un problema.
Otra estrategia propuesta es revisar las especies que se deseen incluir en el análisis puesto que algunas especies de los taxones a analizar pudieron sufrir pocas sustituciones moleculares o evolucionaron lentamente en contraposición con otras especies sesgadas que evolucionaron rápidamente o sufrieron grandes tasas de cambios moleculares.
Por supuesto, cuando tratamos con datos empíricos en estudios filogenéticos de organismos reales, nunca conocemos la topología del árbol verdadero, y la hipótesis correcta podría ser la más parsimoniosa (AC) o (BD).
