En realidad, todas estas características se presentan también en el filo Cyanobacteriota, por lo que podría haber alguna relación evolutiva, y de acuerdo con R. Gupta formarían un clado.

Mcinerneyibacteriota Muirbacteria Wallbacteria Riflebacteria Lindowbacteria Spirochaetota Hydrogenedentota Latescibacteriota Edwardsbacteria Zixibacteria Krumholzibacteriota Eisenbacteria Fermentibacterota Gemmatimonadota Hydrothermota Cloacimonadota Raymondbacteria Fibrobacterota Delongbacteria Delphibacteria Calditrichota Marinisomatota Kapabacteria Kryptonia Ignavibacteria Chlorobia Rhodothermia Bacteroidia Desantisbacteria Goldbacteria Firestonebacteria Elusimicrobiota Sumerlaeota Poribacteria Coatesbacteria Planctomycetota Ratteibacteria Omnitrophota Auribacterota Chlamydiota Kiritimatiellae Lentisphaerae Verrucomicrobiae Binatota Thermodesulfobacteriota Nitrospirota Moduliflexota Methylomirabilota Schekmanbacteria Nitrospinota Tectomicrobia Pseudomonadota Acidobacteriota Dependentiae Aquificota Chrysiogenota Deferribacterota Fusobacteriota estaría en la base del supergrupo Gracilicutes de acuerdo con la filogenia concatenada de los ARN ribosómicos 16S y 23S,[5]​ así como lo obtenido con análisis genómicos recientes (2019).

Chlorobacteria Hadobacteria Cyanobacteria Spirochaetes Sphingobacteria Proteobacteria Planctobacteria Eurybacteria Endobacteria Actinobacteria Archaea Eukarya Leyendas: [A] Bacteria Gram-negativa con pared de peptidoglicano y clorosomas.

[C] Revolución glicobacteriana: membrana externa con inserción de lipopolisacáridos, hopanoides, ácido diaminopimélico, ToIC y TonB.

Según Cavalier-Smith la filogenia actualizada es aproximadamente la siguiente:[9]​ Chloroflexi Patescibacteria Armatimonadetes Melainabacteria Cyanobacteria Endobacteria Actinobacteria Fusobacteria Hadobacteria Aquithermota Synthermota Proteobacteria Spirochaetes Sphingobacteria (FCB) Planctobacteria (PVC) Euryarchaeota (incluye a DPANN) Crenarchaeota s.l (TACK) Lokiarchaeota Heimdallarchaeota Eukaryota