[1]​ Los análisis moleculares recientes han encontrado que los quetognatos también pertenecen a este clado.

[1]​[3]​[4]​ Esta relación ya había sido sugerida gracias a unas estructuras presentes en el aparato masticador que al parecer son sinapomorfias compartidas con los integrantes de este clado[5]​ y por estudios comparativos de los genes Hox.

[6]​ Chaetognatha Gnathostomulida Micrognathozoa Rotifera (Syndermata) Inicialmente se incluía a Cycliophora en Gnathifera debido algunas similitudes morfológicas, sin embargo los estudios moleculares han encontrado que es grupo hermano de Entoprocta dentro la filogenia de Lophotrochozoa.

Los acantocéfalos un ex filo de animales con probóscide han sido identificados recientemente como rotíferos modificados según los estudios moleculares y los ultraestructurales.

[7]​[8]​ En consecuencia se usa la denominación Syndermata para esta agrupación, mientras que otros siguen usando el término Rotifera.