Contiene una sola especie, Limnognathia maerski, animal microscópico descubierto en Groenlandia en 2000.

Según los análisis moleculares estarían emparentados con los rotíferos, gnatostomúlidos y quetognatos dentro del clado Gnathifera.

Posee las mandíbulas más complejas descubiertas en invertebrados, formadas por 32 piezas móviles.

Presenta, además, muchas otras estructuras particulares que justifican, según los autores, su separación en un filo propio.

El siguiente cladograma, muestra las afinidades de Limnognathia según los análisis moleculares más recientes:[2]​[3]​ Gnathostomulida Chaetognatha Micrognathozoa Rotifera (Syndermata)