Asimismo, Cavalier-Smith incluyó en ellos a los platelmintos y otros grupos microscópicos, ya que los análisis moleculares en este tiempo los consideraban monofiléticos, pero los más recientes sugieren que son parafiléticos y que de hecho es causado por la atracción de ramas largas.

Estudios en su tiempo han dado como perentoria esta hipótesis de considerar que todos estos grupos presentan ancestro común, pero difieren en la inclusión de determinados grupos en el filo.

La taxonomía propuesta por Cavalier Smith en 1998 es la siguiente:[1]​[2]​ Los platelmintos y gastrotricos son acelomados, el resto de los grupos pseudocelomados y comparten características tales como la morfología de la faringe o las mandíbulas, aunque se hayan perdido en acatocéfalos como adaptación al parasitismo.

Sin embargo los clados propuestos por Cavalier-Smith para la filogenia animal han sido refutados y descartados por la mayoría de los zoólogos, causados por la atracción de ramas largas.

[1]​ Chaetognatha Orthonectida Dicyemida Platyhelminthes Gastrotricha Gnathostomulida Micrognathozoa Rotifera Acanthocephala Bryozoa Entoprocta Cycliophora Nemertea Annelida Mollusca Brachiopoda Phoronida Por otro lado otros antiguos estudios han encontrado la siguiente filogenia:[3]​[4]​ Chaetognatha Gastrotricha Gnathostomulida Micrognathozoa Platyhelminthes "Rotifera" (incluye a Acanthocephala) Bryozoa Entoprocta Cycliophora Annelida Mollusca Nemertea Brachiopoda Phoronida