En un principio, este pueblo se conocía como El Pozuelo debido a un pozo que les abastecía.
Con la repoblación el nuevo poblado surge más al oeste del anterior que tomará el nombre de San Martín de Valdepusa por una iglesia que se hizo para la devoción a San Martín Obispo y por el señor de Valdepusa, dueño de las tierras.
En 1517 se fue perdiendo el nombre de Pozuelo, manteniéndose el del Santo.
El territorio estuvo ya habitado al menos en la época visigoda y después en la musulmana, Reconquistado el país, cuando se hace la donación real del señorío, ya existían moradores desde el siglo XII en la zona conocida como El Pozuelo, donde se edificaron las primeras casas.
Hacia mediados del siglo XIX, la villa tenía contabilizada una población de 774 habitantes.