El término "Malpica" podría derivarse del adverbio latino MALE y el participio pasado femenino PICTAM, del verbo PINGO, 'pintar', con lo que vendría a significar 'mal pintada' o 'mal adornada'.

También es posible que sea una mezcla de la raíz prerromana *mal, 'roca', y el participio latino, viniendo a significar 'roca pintada'.

[2]​ Otros expertos, estudiando una toponimia similar, señalan la posibilidad de que proceda del adjetivo latino MALVS, 'malo', y el verbo picar.

El complemento se debe por encontrarse a orillas del río Tajo.

Teniendo en cuenta que existen otros pueblos y lugares también llamados "Malpica", lo que sugiere un nombre referido a algún elemento ambiental, esta versión más sencilla y directa parece también la más probable.

Cabe proponer una interpretación diferente, que permite poner en relación este topónimo con otros similares repartidos por la geografía española.

[5]​ En todos estos topónimos se advierte un denominador común, la referencia a molinos.

Si se confirma esta hipótesis, Malpica y Malpique pertenecen a la categoría folktoponímica, resultante de la petrificación toponímica de una fórmula narrativa, jocosa o satírica perteneciente a la cultura oral.

En efecto, es altamente improblable la concatenación de dos raíces prerromanas oronímicas (*mal y *pikk-) en tan numerosos lugares, siendo éstos por añadidura a veces insignificantes.