Junto a su padre ejecutó los dos atriles de bronce del coro de la catedral de Toledo, y cuando éste fallece dos años más tarde, se ocupó junto a su hermano Juan de Vergara, en terminar los vitrales de la catedral, trabajos que terminaron en 1580.
Fue nombrado dos veces maestro mayor de la catedral, la segunda de ellas en 1587, permaneciendo en el cargo hasta su muerte.
Comenzó entonces las obras de la capilla del Sagrario en estilo herreriano y fue el responsable de las trazas del complejo arquitectónico de la capilla del Sagrario, Relicario, Sacristía y patio y casa del tesorero.
Sobre estas fechas realizó junto a los maestros Juan Bautista Vázquez el Viejo y Juan Correa de Vivar (pintura) el retablo mayor para la iglesia de santa María Magdalena de Mondejar (Guadalajara) diseñado por Alonso de Covarruvias.
Esta genial y magna obra hoy no existe ya que fue destruida en la guerra civil Española, pudiéndose admirar en el mismo emplazamiento, una copia exacta del conjunto pictórico y escultórico en toda su magnitud y calidad original.