Parece que el topónimo Auñón procede de la palabra latina alneu, «aliso», que habría evolucionado a la forma auño; a partir de esta palabra se habría creado un aumentativo castellano añadiendo la terminación -on.

[4]​ El pueblo se encuentra a 747 m sobre el nivel del mar.

Si bien por Auñón pasaron los iberos, los romanos y los árabes, solo empieza a ser conocido desde el momento de la Reconquista por Castilla, que tuvo lugar, como la conquista de toda la Alcarria, a comienzos del siglo XII.Sus primeros dueños fueron los Ordóñez, señores terratenientes castellanos de Illana.

Junto al río se erguía un fuerte torreón vigía llamado del Cuadrón, donde antes hubo poblado, castillo y control de caminos.

En el siglo XV, Juan Ramírez de Guzmán, apodado «Carne de Cabra», se sublevó contra la Orden y se nombre a sí mismo maestre contra el legítimo mandatario.

El rebelde asoló la tierra de Zorita, conquistó y dominó durante un tiempo todos sus pueblos.

El alcalde desde 2019 es Sergio García Rodríguez,[13]​ del Partido Popular, que obtuvo los 5 concejales de Auñón.