Las instalaciones estuvieron en servicio durante la primera mitad del siglo XX.

Las obras corrieron a cargo de la Compañía del Ferrocarril de Madrid a Aragón, que continuaría la prolongación del trazado hasta Alocén.

El ferrocarril nunca llegó a completarse y en 1946 se clausuró el tramo final, lo que convirtió a Auñón en la estación término.

[3]​ Las instalaciones se mantuvieron en servicio hasta 1953, fecha en que fue clausurado al tráfico el tramo Orusco-Auñón.

La estación de Auñón quedó abandonada y años después las vías fueron levantadas.