El topónimo Alocén deriva del anterior Alfocén, y este del mozárabe alfoz, es decir, un pequeño lugar rural dependiente de una villa,[1]​ aunque también se ha traducido como "camino" o "lugar de paso".

Hay otras tres ermitas a las afueras del pueblo: La de la Soledad, donde se guardan los pasos de Semana Santa, Santa Ana, junto al cementerio, y San Juan Bautista.

A mediados del siglo XIX, el lugar tenía contabilizada una población de 353 habitantes.

[cita requerida] Para hacer el embalse de Entrepeñas se anegaron muchos huertos, así como la estación de ferrocarril que conectaba Alocén con Madrid en la línea del ferrocarril del Tajuña.

Con la pérdida del ferrocarril y el éxodo rural de los años 1960, Alocén se convirtió en un pueblito casi deshabitado en invierno y donde muchas familias tienen su segunda residencia en verano.