Unos años más tarde se erigió la diócesis, aunque no está claro el año y día de su fundación.[5] En la década de 1220 el metropolitano Rodrigo Jiménez de Rada intentó dividir la diócesis en sus dos originales, pero la oposición del obispo García condujo a un pleito entre ambos, que el obispo de Burgos Mauricio resolvió a favor del conquense.De hecho, las únicas elecciones capitulares tuvieron lugar en la segunda mitad del siglo XIII.En 1745 se instituyó el seminario diocesano, dedicado a san Julián, segundo obispo de Cuenca y patrono de la diócesis.En 1902 se reconstruyó la fachada de la catedral, destruida por un derrumbe.Durante el curso 2017-18 se formaron 41 seminaristas en la diócesis: 10 en el Seminario Diocesano y 31 en otros.
