[1]​ A los 12 años ingresa en la cercana abadía de Silos, donde cursa con brillantez la carrera eclesiástica.

Simultánea estos trabajos con el estudio del canto gregoriano, entonces objeto de discusión en la iglesia tras la publicación del motu proprio de Pío X (1903).

En 1911, es enviado a Roma becado, permaneciendo hasta el inicio de la Primera Guerra Mundial.

Investiga en los archivos vaticanos las relaciones entre España y la Santa Sede en tiempos de Felipe II.

Allí desgranó lo que había sido su programa de historiador autodidacta y positivista, tal como señalaba Menéndez Pelayo: A raíz de su repentino fallecimiento, Justo Pérez de Urbel manifestaba: