Aunque los restos más antiguos existentes hoy en el conjunto monacal, correspondientes a la iglesia, datan de 1080, la congregación fue fundada en 912 como un eremitorio, de ruinas aún visibles, en la parte alta de las paredes que flanquean el valle.Los dos documentos presentan serias dudas sobre su autenticidad, sobre todo el de Fernán González cuyos anacronismos son evidentes y que sería elaborado para vincular su figura aún más al monasterio.Así, mientras la iglesia, comenzada en el año 1080 y hoy en ruinas, tenía tres naves y tres ábsides a la cabecera, por lo menos en el primer planteamiento románico, durante la etapa del gótico hubo modificaciones que cambiaron el aspecto general del templo, si bien se conservaron algunos capiteles del siglo XI.Entre los restos de la monumental iglesia destacan los tres ábsides semicirculares, con amplios presbiterios.Existe asimismo, la portada de la iglesia que fue trasladada al Museo Arqueológico Nacional en 1895.
Maqueta que muestra San Pedro de Arlanza antes de su desamotización en 1835 y su posterior expolio y ruina.
Otra vista de la recreación de San Pedro de Arlanza antes de su desamotización en 1835 y su posterior expolio y ruina.
San Pedro de Arlanza antes de su desamotización en 1835 y su posterior expolio y ruina, desde el lado del río Arlanza
