Según las crónicas Pedro nació en Alcalá de Henares.
Tanto Pedro como Domingo intentaron, pero no consiguieron, obstaculizar la influencia que el cardenal Granvela tenía sobre Carlos V.
[6] En Dilinga, donde estuvo seis años, disputó con los teólogos protestantes y trabajó con el obispo de Augsburgo para establecer un cuerpo académico católico.
En 1560 fue acusado en Valladolid ante la Inquisición española de estar influido por el luteranismo, principalmente por haber solicitado el imprimatur del Catecismo de Bartolomé Carranza y por sus intervenciones en el Concilio.
Durante el Concilio escribió unos poemas basados en la Biblia, Preces speciales (oraciones especiales), que fueron musicados por el compositor flamenco Jacobus de Kerle; consta que estos poemas influyeron en las deliberaciones de los padres conciliares sobre la música sacra.