Su música influyó en la tolerancia a la polifonía en el Concilio de Trento.
Se le encargó poner música a las Preces Speciales (oraciones especiales) del dominico Pedro de Soto para el Concilio de Trento que completó en 1562, y llevó a Trento durante el Concilio junto con el cardenal de Augsburgo Otto Truchsess von Waldburg.
Aunque no participó en las deliberaciones, la interpretación de las Preces Speciales se consideran que influyeron en las decisiones los padres conciliares sobre la permisividad de la polifonía en la música sagrada.
De Kerle no utilizó la homofonía simple ni la dicción simple de los textos como hicieron los compositores postconciliares contemporánes como Palestrina o Vincenzo Ruffo, ni usó el marcado cromatismo de los madrigales del final del siglo XVI.
Sus obras que han sobrevivido incluyen misax para vuatro y cinco voces (compuso misas para seis voces pero se han perdido), motetes, salmos, himnos y canciones sacras.