Al final de su formación se ordenó presbítero, por lo que comenzó a usar el honorario ‹Don›.
Ruffo respondió componiendo misas en un estilo tan simple como fuera consistente con la expresión clara del texto.
Sin embargo, al final de su vida, evidentemente se sintió insatisfecho con la composición de misas en un estilo estrictamente cordal y volvió a usar un estilo moderadamente contrapuntístico.
En 1584 nació su hija Camilla Laura de su segunda esposa, una tal Caterina.
Antes de 1564 su música era mayormente seglar, con numerosos madrigales, y en ese año publicó su única obra instrumental, sin voces.
Ese año abandonó las obras seglares por completo, centrándose en composiciones en latín específicamente dedicadas a la Contrarreforma.
En 1545 publicó un libro de madrigales «a notas negras» en Venecia.