[3]​ En 1556 escribió su famosa Consultatio theologica, en el que aconsejó al rey Felipe II que resistiera las pretensiones temporales del papado y como monarca absoluto defendiera sus derechos a la administración de las rentas y bienes de la iglesia española, con lo que haría al estado menos dependiente de Roma.

Esto le valió ser llamado "hijo de la perdición" por parte del papa Paulo IV.

Poco tiempo después fue detenido por la Inquisición el arzobispo de Toledo Bartolomé de Carranza y Felipe II aprovechó para quedarse con las pingües rentas vacantes de Toledo mientras se dirimía el caso.

De este modo, introduce en la Teología católica los Loci Theologici.

Su sobrino, el franciscano fray Antonio Delgado Torre y Neyra, del convento de Ocaña, hizo una segunda edición que alteró con la excusa de "continuar y extender la obra" de su tío, sin advertir, acaso interesadamente, que la había dejado completa (Madrid: Tomás Junti, 1595); más tarde se hicieron otras más cuidadas (Madrid, 1780 y Barcelona, imprenta de Pablo Riera, 1860).