Pasó por Sevilla, donde tuvo contacto con el que luego sería el secretario general del partido, José Díaz.
[8][9] Durante la guerra civil española lideró el PCE, junto con Pasionaria, debido a la enfermedad que sufría el secretario general, José Díaz.
[12] Julius Ruiz, por su parte, sin implicar directamente a Checa, sostiene que los asesinatos fueron gestionados y promovidos fundamentalmente por españoles, con los soviéticos como simple apoyo.
Sólo permaneció en España Checa, junto con Fernando Claudín y Palmiro Togliatti, con el objetivo de evacuar a todos los cuadros comunistas que pudieran localizar y de mantener una estructura clandestina del PCE.
Durante los últimos días de la guerra, se intentó organizar el partido para la clandestinidad, con una nueva dirección con Jesús Larrañaga al frente.
Los últimos dirigentes comunistas que quedaban en España, Checa, Hernández, Claudín y Togliatti, partieron en los aviones disponibles hacia la Argelia francesa,[25] poco antes de que se llevase a cabo la entrega pactada de la aviación republicana a Franco.
[26] Allí, participó en las reuniones que se llevaron a cabo entre la Komintern y la dirección del PCE para dilucidar las causas de la derrota.
[1] Allí vivió bajo una identidad falsa (Pedro Fernández Izquierdo), que había obtenido en la isla antillana.
Sus actividades en México son poco conocidas, pero existen informaciones que le involucran en el asesinato de Trotski (según un informe confidencial enviado por una militante comunista a la dirección del PCE en Moscú, en relación con Checa y al asesinato del dirigente comunista: "El partido [en México] ha sido informado de que la policía [mexicana] tiene un archivo en el que se registra detalladamente la actividad de los camaradas españoles.
[9] No obstante, la salud de Checa era delicada desde que durante la Guerra Civil había contraído la tuberculosis.
[37][38][36] La primera guardia de honor a su cadáver la hicieron Joan Comorera, Antonio Mije, Ángel Álvarez y Federico Melchor.