Llegó al país acompañado por tres asesores bávaros y 3500 soldados, a bordo de la fragata británica HMS Madagascar.
Los regentes bávaros gobernaron hasta 1837, cuando ante la insistencia de Gran Bretaña y Francia, fueron relevados por ministros griegos, aunque los bávaros continuaron copando altos puestos de la administración y el ejército, lo que creó gran malestar social.
La impopularidad del rey fue aumentando debido a la subida de los impuestos, mayores que los existentes en el periodo otomano; y porque Otón no renunció a la religión católica para convertirse en ortodoxo, negándose también a promulgar una constitución según se disponía en el Acuerdo del que surgió la independencia griega.
En su momento se sugirió que si Otón y la reina Amelia hubieran engendrado un heredero, no habrían sido derrocados, pero en cualquier caso, la sucesión real ya estaba establecida en la Constitución griega de 1843, y la corona habría recaído sobre uno de los hermanos menores del rey o sus descendientes.
En 1866, Otón hizo varias donaciones para proporcionar armas a los insurgentes y también tomó medidas para que esta donación permaneciera en secreto hasta su muerte, con el fin de no causar problemas políticos al nuevo rey de Grecia, Jorge I.