Caldas permitió que los jóvenes criollos conspiradores contra el régimen español Antonio Nariño, Camilo Torres, José Acevedo y Gómez o Antonio Baraya se reunieran en los salones del Observatorio.
Fusilado Caldas por orden del general Pablo Morillo en 1816, la actividad científica en el Observatorio fue nula.
Este abandono perduró hasta 1823, con la llegada al país de la llamada Misión Boussingault, la cual estaba compuesta de cinco jóvenes científicos extranjeros que ya había adelantado algunos estudios geológicos en Venezuela.
La comisión fue iniciativa del general Simón Bolívar interesado en solicitar ayuda foránea para incentivar el desarrollo de la ingeniería y las ciencias naturales en la naciente república.
Desafortunadamente, la apatía de la clase política permitió que la misión se disolviera al cabo de pocos años y en 1827 quedó a cargo del literato y médico Benito Osorio quien por un año realizó observaciones meteorológicas.
El gobierno alquiló las instalaciones para usos particulares, habiéndose llegado a establecer allí una venta de helados.
En 1859 se reanudó su actividad como observatorio, nombrándose director el ingeniero militar José Cornelio Borda.
Álvarez Lleras presentó renuncia al cargo en 1949 y lo remplazó Belisario Ruiz Wilches, bajo cuya dirección se construyó el Observatorio de la Ciudad Universitaria en 1952.
Entre 1974 y 1980 la dirección estuvo a cargo del ingeniero Eduardo Brieva Bustillo.
Luego la dirección del departamento ha pasado a manos de los profesores Benjamín Calvo Mozo, Mario Armando Higuera Garzón, William E. Cepeda, Juan Manuel Tejeiro, y José Gregorio Portilla.
En la actualidad la dirección está a cargo de Mario Armando Higuera Garzón.