Posteriormente se trasladó a Anolaima, donde adquirió su interés por la geología y la paleontología recorriendo la cordillera de Sumapaz hasta Tunja.
Recibe el título de Ingeniero en 1866 y luego entra a conformar la Oficina Central del Cuerpo de Ingenieros por llamado del poder ejecutivo.
Trabajó José María González Benito con instrumentos suyos y de Indalecio Liévano en el Observatorio Astronómico sin cobrar sueldo, lo que le hizo ganar recelos y provocó su retiro en 1872.
Para 1881, el Observatorio Astronómico cuenta con cúpula giratoria, un refractor de 16 cm y una estación meteorológica completa.
Ese año al Observatorio se le designa una zona para la observación sistemática entre la declinación 40 y 55 norte y se participa en la unificación del manejo de la hora, asunto del cual tratará el Congreso Mundial de Washington en 1884, durante el cual se adopta como meridiano cero el de Greenwich.
Para el cargo propone al brillante joven Julio Garavito Armero, su alumno y quien se desempeña como profesor de ingeniería y geodesia en la Escuela de Ingeniería.
González Benito se refugia en su casa, donde construye su reconocido "Observatorio Flammarion", el del parque de los Mártires.