En la laguna de Urao cercana a Lagunillas, Estado Mérida (Venezuela) descubrió el mineral gaylussita.

Colaboró con Jean-Baptiste Dumas como coautor del Essai de statique chimique des ltres organists (1841), y fue el autor del Traite d'economie rurale (1844), remodelado como Agronomie, chimie agricole, et physiologie (5 vols., 1860–1874; 2.º ed., 1884), y de Etudes sur la transformation du fer en acier (1875).

Boussingault fue un personaje excepcional en la ciencia agrícola, organizando y dirigiendo la primera estación experimental agrícola del mundo y haciendo una serie de descubrimientos fundamentales para sentar las bases de la agricultura moderna.

Rothamsted (en el Reino Unido), generalmente considerada la estación experimental todavía en servicio más antigua, comenzó a trabajar en 1843 (siete años más tarde), y el equivalente alemán en Moeckern comenzó su andadura en 1852.

Boussingault reintrodujo los métodos cuantitativos empleados inicialmente por de Saussure, y se le reconoce como el descubridor de múltiples procesos relacionados con la agricultura, así como con los campos del petróleo y la metalurgia.

Grandes reconocidos naturalistas europeos estaban interesados en Sudamérica, entre los que se encontraba Alexander Von Humboldt, quien contribuiría desde Europa al desarrollo de esta expedición.

En mayo de 1822, Zea conformó la expedición con 5 naturalistas, los cuales eran: Boussingault, Marino Rivero, François Desiré Roulin, Jacques Bourdon y Justine-Marie Goudot.

“Curioso espectáculo el que se presentó a mis ojos: ¡todo era nuevo para mí!

Maracay, según las descripciones de Boussingault, es un territorio sumamente rico en vegetación, tiene las condiciones ambientales para que sobrevivan hasta las plantas más exigentes.

Desde Maracay Boussingault hizo pequeñas excursiones hacia los alrededores, estudiando principalmente las características geológicas del territorio.

En este territorio aún se estaban librando enfrentamientos entre el ejército patriota y el ejército realista; esto obligaba a Boussingault ir en constante tensión durante los trayectos entre una ciudad y otra, deseando no encontrarse con patrullas españolas que podrían dificultar su viaje.

Después, en 1826, residiría en los valles del Río Magdalena entre Honda y Mariquita, donde asesoraría ciertas minas en esta región.

Posteriormente, en 1827 Boussingault cruzaría la cordillera central para regresar a las minas de Supía y Mármato donde oficiaría como superintendente.

Luego, en 1829, realizó una expedición a la región aurífera y platinífera del Chocó, donde realizaría descripciones muy importantes para el estudio etnográfico en Colombia sobre los Chamis, los cuales no habían sido afectados por la colonización española.

Finalmente, en 1830 regresó a Supía y Mármato donde finalizaría sus obligaciones con estas minas con el fin de emprender su viaje hacia el sur occidente de Colombia y Ecuador para estudiar su región volcánica.

Desde Pasto, recorriendo la cordillera de los Andes, el naturalista francés llegó hasta Quito.

Al momento de su llegada a Ecuador, la Gran Colombia se había desintegrado y como consecuencia se conformaría la República del Ecuador fungiendo Juan José Flores como su primer presidente.

Estando allí, Boussingault trabajaría el gobierno de Juan José Flores, afirmando en una de sus anécdotas detalladas en sus memorias que: "hubo en esos días en casa de Flórez, presidente del Ecuador, una gran recepción: yo pertenecía a su estado mayor y debí permanecer en gran uniforme; me encontraba al lado del jefe del Estado cuando un religioso llegó a presentarle sus respetos".

[15]​ Además, Boussingault realizaría una minuciosa descripción social, histórica y topográfica del Ecuador.