Estas dependencias se hallan en la planta baja, al nivel del Jardín de los Frailes, y comprenden todos los salones y cámaras con sus saletas, que coinciden absolutamente con las del piso superior o Palacio de Felipe II y que rodean al Patio de los Mascarones; en estas salas se han instalado las pinturas de escuelas flamenca, alemana, italiana y española.
La Sala II muestra obras del flamenco Michel Coxcie: Tríptico de San Felipe; Anunciación; La Virgen con el Niño, San Joaquín y Santa Ana; La Virgen y San José postrados adorando al Niño; Ofrenda al Niño Jesús y Sagrada Cena.
También se exponen el Descanso en la huida a Egipto y La Adoración de los Reyes de Francesco Bassano y Noli me tángere, copia del Veronés por Luca Giordano.
También la Sala VIII muestra obras de escuela italiana: Descendimiento de la escuela del Veronés; Lot embriagado por sus hijas del Guercino; Virgen con el Niño y San Juanito (La Virgen del Roble), atribuida al Pordenone y un Ecce Homo de Giovanni Battista Crespi.
La Sala IX contiene diversas obras tanto de escuela italiana como flamenca y holandesa.