Nace en Florencia el 13 de octubre de 1474, cuando contaba con doce años de edad se hace discípulo de Cosimo Rosselli, y compañero del también discípulo Fray Bartolomeo con el que traba una gran amistad y simpatía, tan íntima que en 1494 los dos se unen y crean su propio estudio en Florencia.

Cuando los Médici son expulsados temporalmente en 1494, él vuelve con su amigo, del que estudia y copia el estilo, según Vasari, por lo que sus trabajos fueron tomados como si fueran propios de Baccio.

Cuando, en la cruenta campaña de la moralidad de Savonarola, Baccio ingresa en la orden dominicana como Fray Bartolomeo en 1500 y renuncia a la pintura, Albertinelli, que estaba pintando al lado de éste cuando renuncia el fresco del Juicio universal para el Hospital de Santa Maria Nuova es estimulado por su éxito y resuelve continuar sólo.

Entre sus muchos estudiantes cabe destacar a Pontormo y Giuliano Bugiardini.

Sus pinturas principales están en Florencia, y seguramente su obra maestra es La visitación en la Galería Uffizi.