En la disposición del espacio expositivo se combinan criterios de ordenación histórico-estilística, atendiendo a los sucesivos estilos artísticos y las correlativas épocas históricas (Románico, Gótico, Renacimiento, Barroco); y criterios didácticos, que prioricen las técnicas y las materias empleadas en la realización de las obras.
Se encuentran en esta sección algunas de las manifestaciones artísticas más antiguas del cristianismo en Álava así como elementos del mundo funerario (estelas, sepulturas), mobiliario litúrgico (altares) y elementos arquitectónicos con labor escultórica.
En la Sala 2 (Capilla del Sagrado Corazón) destacan diversos materiales representativos de la arquitectura románica, como canecillos, capiteles, ménsulas, ventanales, portadas y relieves.
Una reja del siglo XVI procedente de Galarreta delimita dos espacios: en el de la entrada hay imaginería del siglo XVI; tras la reja se conserva un altar neogótico de mármol con forma de templete, existente anteriormente en la Catedral, sobre el que se disponen los objetos litúrgicos más usados en la celebración de la Eucaristía; manteles y frontales, custodia, cáliz, copón, sacras, portapaz, relicario, candeleros, cantoral, ornamentos litúrgicos, un hachero... A los lados del altar se exhiben diversos ornamentos y vestiduras sacerdotales.
Dado el carácter didáctico de lo expuesto, la selección de las obras responde no tanto a criterios cronológicos y estilísticos cuanto a que sean representativos del culto católico.
[3] La Sala 7 (Capilla de Navarra) se dedica básicamente a la obra autóctona.
Cronológicamente comienza con una obra del siglo XVI, de estilo manierista, el San Francisco meditando de rodillas realizado por El Greco en Toledo entre 1586 y 1592.
Además se organizan exposiciones temporales en un espacio dedicado exclusivamente para ello.
La constante labor investigadora en el patrimonio religioso diocesano descubre con frecuencia obras ocultas o no suficientemente destacadas de gran valor histórico y artístico.
Estas exposiciones vienen acompañadas por una pequeña publicación (tríptico o folleto) en la que se difunden estudios inéditos sobre las obras de arte recuperadas.
[4] Su acceso se realiza por la puerta sur del crucero de la Catedral, orientada a la calle Monseñor Cadena y Eleta y al parque de la Florida.