Anteriores a las referencias escritas son los restos prehistóricos descubiertos en la zona y que datan de la época Neolítico-Bronce (2000-400 a. C.).

Los siglos XVI y XVII, a pesar de que en 1535 un gran incendio destruyó prácticamente la ciudad, fueron especialmente importantes en el desarrollo económico de Orduña que, consolidada como gran plaza comercial, alcanza proyección regional e internacional.

Así, durante todo el siglo XVIII se busca la mejora del antiguo camino carretil que unía Orduña con Castilla y, finalmente, en 1774 se inaugura la nueva vía de comunicación.

Josep Torrens, internado en dicho campo, declaró: «No éramos nada.

El desarrollo industrial fue muy escaso en la ciudad, lo que ha permitido, en parte, mantener intactos sus excelentes recursos histórico-patrimoniales y medioambientales.

En la primera década del siglo XXI se intenta dar un nuevo carácter turístico a la ciudad, con la transformación de la antigua Aduana, situada en el centro de la ciudad, en un balneario moderno.

Asimismo, hay un pequeño enclave llamado La Cerca de Villaño, que jurídicamente también pertenece a Orduña.