Ocupa seguramente el mismo lugar de la iglesia juradera dedicada también a San Miguel, que cita y sitúa a las puertas de la villa el documento del fuero fundacional concedido por el rey navarro Sancho VI el Sabio en 1181.

En el hastial, casi tapado por viviendas adosadas y junto a la torre, se observa otro acceso al templo, hoy fuera de uso, la llamada Puerta del Solar, a la que se accede por una estrecha escalinata desde la calle Correría.

En el exterior del ábside semihexagonal, orientado al Palacio de Villa Suso y a la plaza del Machete, puede verse aún el nicho enrejado que guardaba el machete sobre el cual juraba el síndico, ante el pueblo, velar por los intereses de la Ciudad.

De la parte más antigua, gótica de finales del siglo XIV a principios del XV, se conservan los apoyos del primer tramo y la portada principal parcialmente mutilada, cuya parte mejor conservada es el tímpano dispuesto en tres fajas, las dos inferiores centradas en escenas tradicionales de San Miguel y la superior mostrando la manifestación gloriosa del Padre dando al mundo a Cristo Redentor, flanqueado por la Virgen María y San Juan orantes.

La hornacina es del XVIII y la talla es un bulto gótico de piedra policromada con la Virgen en majestad sosteniendo al niño.