Con los años, toda la región quedó bajo el dominio del Imperio incaico.Un prócer moqueguano, el mariscal Domingo Nieto, peleó con valentía en las batallas de Junín y Ayacucho.Sin embargo se dispone que se cree un nuevo Departamento en el Perú del Sur, el llamado Departamento Litoral con las entonces provincias arequipeñas de Arica y Tarapacá.Una vez disuelta la confederación, se disuelve este nuevo departamento, al que posteriormente se reorganiza agregándole la Provincia de Moquegua, pasando a denominarse Departamento de Moquegua.Durante la Guerra del Pacífico la región soportó la incursión chilena, que arrasó con personas e inmuebles.Además, se desarrolla una pequeña industria de vinos tipo oporto y borgoña.En el ámbito de la educación básica cuenta 94 colegios públicos y privados.El departamento de Moquegua es caracterizado por tener el mejor rendimiento académico promedio en el país en el nivel primaria según los últimos reportes de calidad educativa en Matemáticas y Lectura del INEI,[8] en cuanto al nivel secundaria se ubica en el segundo puesto, después de Tacna.A la carretera Binacional confluyen el Eje Interoceánico Puno Moquegua.Así mismo, la carretera Moquegua – Omate permite la integración de pueblos alto andinos localizados en la sierra del departamento (Cuenca del río Tambo), contribuyendo al flujo de productos agrícolas hacia la costa.La carretera Binacional Ilo – Desaguadero – La Paz ha permitido dinamizar la capacidad importadora y exportadora de la región, el turismo latinoamericano y principalmente el desarrollo de las poblaciones del sur del Perú.En el mediano plazo su importancia se incrementará como consecuencia de la ampliación de la frontera agrícola en la Región (Proyecto Especial Pasto Grande y el Proyecto CLEMESI) y por el tránsito que generará la Carretera Interoceánica.La ciudad de Moquegua ha sufrido el embate de violentos terremotos, no obstante lo cual ha vuelto a levantar una y otra vez sus característicos techos “en mojinete”, que todavía se conserva en algunas viviendas.Como todos los otros departamentos del Perú y la Provincia Constitucional del Callao, constituye una región de facto con un Gobierno Regional propio además de un distrito electoral que elige dos congresistas.
Plaza de Armas de la ciudad de Moquegua, al fondo se aprecia la catedral de la ciudad.
