Las misiones españolas en Baja California fueron un conjunto de asentamientos religiosos establecidos por varias órdenes religiosas católicas —jesuitas, franciscanos y dominicos— entre 1683 y 1834 para difundir la doctrina cristiana entre los nativos americanos o indios que vivían en la península de Baja California.
En 1834, México secularizó todas las misiones en su territorio y el último de los misioneros partió en 1840.
Una vez facultados para erigir una misión en una zona determinada, los hombres asignados a ella elegían un lugar específico que tuviera un buen suministro de agua, proximidad a una población indígena y tierras de cultivo.
Los pueblos indígenas con los que se encontraron los misioneros españoles en Baja California (de norte a sur) fueron los kumiai, cucapá, paipai,[2] kiliwa,[3] cochimí, mongui, guaicura y pericú.
[4] Los kumiai y los cucapá practicaban una agricultura limitada, pero la mayoría de ellos eran cazadores-recolectores, nómadas o seminómadas, que se ganaban la vida en condiciones difíciles en el desierto y con escasez de agua dulce.
Los pueblos indígenas recalcitrantes a menudo huían o se rebelaban, y muchas misiones mantuvieron una existencia precaria durante la época colonial.
[7] En el momento del primer contacto con los españoles, los nativos americanos que vivían en Baja California podían ser hasta 60 000.
A principios del siglo XIX, las tribus de Baja California estaban culturalmente extintas, excepto los kumiai, cucapá y paipai.
[9] A diferencia de los asentamientos continentales, que fueron diseñados para ser empresas autosuficientes, las remotas y duras condiciones de la península hicieron casi imposible construir y mantener estas misiones sin la asistencia continua desde el continente.
En 1810, México comenzó a poner fin al dominio colonial español y obtuvo su independencia en 1821, un año después en julio de 1822 las misiones pasaban a poder del Primer Imperio Mexicano, con el establecimiento de la Primera República Federal el presidente mexicano Guadalupe Victoria nombró al teniente coronel José María Echeandía gobernador de Baja California Sur y la dividió en cuatro municipios.
La capital se trasladó a La Paz en 1830, después de que Loreto fuera parcialmente destruida por las fuertes lluvias.
El padre presidente era el jefe de las misiones católicas en la Alta y Baja California.
A partir de 1831, se eligieron personas separadas para supervisar la Alta y la Baja California.