Su padre se casó primeramente con Isabel del Busto con quien tuvo un hijo del mismo nombre que su padre y que se casó en Arguedas con Martina de Escudero.

Jacinta llegaría a ser abadesa del Convento de Santa Catalina, en Zaragoza.

Participó en varias batallas cuando se sublevaron Aragón, Cataluña, Navarra y Portugal.

Posteriormente se alistó en el ejército español y en 1663 estuvo en la flota del Duque de Veragua.

En la historia de Las Californias siempre estará presente el almirante Atondo, fue él quien junto con el padre misionero Eusebio Francisco Kino y los también frailes misioneros Matías Goñi y Juan Bautista Copart establecieron la Misión de San Bruno, primera misión establecida en Las Californias.