Fue fundada en 1683 por los padres jesuitas Eusebio Francisco Kino, Matías Goñi y Juan Bautista Copart, a unos 20 km al norte de la hoy ciudad de Loreto (Baja California Sur).
Los sacerdotes jesuitas acompañaron al almirante Isidro de Atondo y Antillón en calidad de misioneros en su expedición a la península de Baja California, el asentamiento misionero no es considerada por los historiadores como una misión propiamente dicha, pero su importancia y acciones que se desarrollaron debe ser considerada, fue allí donde el padre Copart adquirió las experiencias necesarias para escribir su catecismo en lengua cochimí, lo que sería después de gran valor para el padre Juan María de Salvatierra cuando llegó años después a la península a cristianizar esas tierras.
En el otoño del mismo año 1683 regresó la expedición a la península, esta vez se dirigieron a San Bruno en donde fundaron la primera misión, cerca de la actual Loreto.
En San Bruno los misioneros fueron bien recibidos por los nativos quienes les ayudaron a levantar una pequeña capilla e incipientes pies de casas.
En ese tiempo el padre Kino logró establecer la primera ruta hacia el Océano Pacífico atravesando la Sierra de la Giganta, todo lo cual es mérito suficiente para que el nombre quede registrado como el primer establecimiento misional en las californias, aun cuando su duración haya sido breve.