El padre Salvatierra que encabezaba al grupo, hubo de vencer grandes dificultades para lograr concretar su sueño de evangelizar a los nativos californianos, sueño que compartía con otro misionero jesuita, Fray Eusebio Kino.
A principios de 1697 todo estaba dispuesto para el viaje en la desembocadura del Río Yaqui en Sonora, el padre Salvatierra disponía de dos embarcaciones para el viaje en las que cargó todas las provisiones y ganado que pudo reunir, en esas embarcaciones iban los pocos valientes que se atrevieron acompañarlo, entre ellos iba a viajar el padre Eusebio Kino pero una rebelión de los nativos en el norte de Sonora impidió a Kino acompañarlos, prefirió permanecer allí para ayudar en la pacificación.
Así que únicamente acompañaron al padre Salvatierra; un español, un portugués, un mexicano, un maltés, un siciliano, un mulato peruano y tres nativos del altiplano mexicano, religiosos algunos, artesanos los otros y muy valientes todos.
Ese "otro México" con el correr de los años se convertiría en la Baja California.
Los frailes franciscanos que habían estado en la misión por cinco años, partieron hacia la Alta California para proseguir en su labor evangelizadora.