En el otoño del mismo año 1683 regresó la expedición a la península, esta vez se dirigieron a un lugar al que los navegantes españoles llamaron San Bruno en donde fundaron la primera misión cerca de la actual ciudad de Loreto (Baja California Sur).
En San Bruno los misioneros fueron bien recibidos por los nativos quienes les ayudaron a levantar una pequeña capilla e incipientes pies de casas.
Pero en San Bruno el sol evaporó el agua y secó las cosechas, el gran sueño se secó también y el Almirante Isidro de Atondo y Antillón en el otoño del año 1685 sometió a votación el abandono de aquella empresa californiana financiada por la Corona española.
En 1699 el padre Juan María de Salvatierra intentó reconstruir la misión, sin embargo, una rebelión de los nativos quienes intentaron quitarle la vida al padre misionero retrasó la labor evangelizadora, tiempo después, el misionero logró superar los conflictos y adoctrinar a casi todos los habitantes de la región, posteriormente el padre Salvatierra continuó con la reconstrucción de la misión, sin embargo, nunca fue terminada.
Unas pocas ruinas recuerdan al visitante la gesta de los primeros padres misioneros quienes con el poder de la palabra triunfaron en lugares donde la espada del conquistador no pudo entrar.