Hoy desaparecida la misión estuvo ubicada a más o menos 28 km al sur de la Misión de Nuestra Señora de Loreto, en la costa del mar de Cortés, en la pequeña región que los nativos llamaban Lugüí (en mongui) o Malibat (en cochimí).
La Misión de San Juan Bautista Londó, más que misión fue una "visita" o capilla menor a la que acudían los padres misioneros en ciertas ocasiones a ejercer su ministerio; las capillas o visitas no tenían un sacerdote radicado.
Cuando los padres misioneros encontraron un lugar apropiado para la misión, la construcción de la misma recayó en el padre Pedro Ugarte, quien después de cinco largos y laboriosos años de trabajo entregó la flamante misión al padre Francisco Peralta, quien le siguió al frente de la misión.
Posteriormente la misión pasó a manos del padre Clemente Guillén de Castro, quien fue explorador, guía y diseñador o constructor del primer camino a la bahía de La Paz (Baja California Sur) partiendo desde la Misión de Nuestra Señora de Loreto.
En la actualidad no quedan ruinas de la misión; las lluvias y la erosión causadas por el tiempo destruyeron todo.