Su hermano Pedro de Ugarte fue también un connotado misionero jesuita en las Californias.

Regresó a Ciudad de México en 1688 como docente en el Colegio Máximo y luego en San Ildefonso Puebla.

En 1704 exploró a caballo posibles sitios de expansión misional, pero no encontró algo considerado como adecuado.

Con tal fin partió una expedición en mayo de 1721 desde Loreto, Baja California Sur por él encabezada a bordo de los navíos "El Triunfo de la Cruz" mismo que fue construido en su totalidad en 1719, por ellos mismos bajo su dirección en la península, y el esquife "Santa Bárbara".

A bordo del "Triunfo de la Cruz" iba el Padre Ugarte en compañía de seis europeos (incluyendo al marinero Guillermo Estrafor) y trece nativos californios, en el esquife o panga viajaban dos nativos filipinos y seis indios de Sonora.

De regreso visitaron la delta del Río Colorado y constataron que lo que separa la península del macizo continental es solo el río.

Por tal acontecimiento, rindió un informe al virrey Baltasar de Zúñiga y Guzmán, confirmando lo que Kino algunos años antes, había visto y afirmado desde las costas sonorenses.

El Padre Ugarte siguió trabajando hasta su muerte a los 68 años de edad.