Esta región fue conocida como Comondú por los indígenas cochimíes a los que Kino se proponía evangelizar.
El padre Mayorga fue responsable de la construcción y quedó al frente de la misión hasta su muerte en 1736 y la misión siguió operando en este sitio por 28 o 29 años.
Para 1793 ya expulsados los misioneros jesuitas de las colonias españolas, los frailes dominicos informaron a sus superiores que la misión contaba con 25 pinturas religiosas y 6 estatuas.
En la actualidad la iglesia no existe, solo se conservan la sacristía y la casa donde vivían los padres misioneros.
Las siguientes instituciones misioneras eran las más cercanas al segundo y último sitio de la misión: El escritor y antropólogo Fernando Jordán llamó en su libro "El otro México, biografía de Baja California" (1953) a los dos Comondús (San Miguel y San José) "El último paraíso sobre la tierra".