[2][3] Sería hasta el 8 de junio de 1825 (siendo jefe supremo del estado Juan Vicente Villacorta, en tiempos que El Salvador era parte de la República Federal de Centroamérica) cuando se decide crear una institución encargada de los aspectos tanto militares como administrativos del gobierno y el país, creándose el Ministerio de Hacienda y Guerra (es de mencionar que en ocasiones a estas instituciones se les ha denominado secretarías, lo que no debe confundirse con las secretarías de la Presidencia).
[4] Según Alejandro Marure, el Estado contaría nuevamente con un Secretario o Ministro de Hacienda y Guerra en los siguientes años: 1832, que lo ejercería Joaquín Durán; en 1839, el Coronel Antonio José Cañas; 1840, el General Nicolás Espinoza; y en 1841, en que se sucederían sucesivamente José Miguel Montoya, Enrique Nuila, y Tadeo Lima; volviendo luego de ello la situación a su forma original.
Pero después de que Zaldívar fuese destituido, dicha institución volvería a combinarse con la de hacienda en la "Secretaría de Hacienda, Crédito público, Guerra y Marina".
[4][6] Sería en el año 1900, en la presidencia del General Tomás Regalado, que se crea definitivamente el Ministerio o Secretaría de Guerra, siendo su primer propietario el general Fernando Figueroa.
En esos tiempos (y hasta la firma de los Acuerdos de Paz en 1992), estaba constituido por dos ramos: Defensa nacional (la fuerza armada) y Seguridad Pública (los Cuerpos de seguridad).