Formó parte de lo que se conoce como La Tandona, esto es, el grupo de coroneles que dirigió buena parte de las operaciones contra la insurgencia en la guerra y contra los que se han dirigido buena parte de las investigaciones sobre los crímenes cometidos por el ejército.

La Audiencia española se declaró competente y Emilio Ponce era el principal acusado por la misma como instigador del crimen, junto a otros 13 militares que también fueron procesados.

[1]​ El gobierno del entonces presidente Cristiani consideró a los miembros de la UCA como parte de la estructura del Frente Farabundo Martí para la Liberación Nacional durante la ofensiva del FMLN de noviembre y diciembre de 1989, y ordenó a Ponce su eliminación.

[1]​ La Comisión de la Verdad de las Naciones Unidas y las investigaciones llevadas a cabo por el Centro de Justicia y Responsabilidad ya determinaron que Ponce, coronel en ese momento, se confabuló con otros cinco coroneles del ejército para el asesinato de Ellacuría y los demás "sin dejar testigos".

No obstante, ninguna sentencia judicial firme ha establecido que Ponce es culpable de tales acusaciones.