Segundo Montes creció en Valladolid, donde realizó sus estudios primarios y secundarios.

Al año siguiente fue enviado a Santa Tecla, El Salvador, para continuar sus estudios bajo la dirección del jesuita Miguel Elizondo.

En 1957 obtuvo la licenciatura en filosofía y retornó a El Salvador, donde trabajo como profesor en el colegio jesuita "Externado San José".

Desde 1970, colabora como catedrático en la recién fundada Universidad Centroamericana "José Simeón Cañas" (UCA).

Las amenazas se materializaron, el 16 de noviembre de 1989, cuando Segundo Montes y 5 compañeros jesuitas Ignacio Martín Baró, Amando López, Juan Ramón Moreno, Joaquín López y López e Ignacio Ellacuría así como Elba Julia Ramos, que trabajaba en la comunidad, y su hija Celina, fueron asesinados por un pelotón del batallón Atlácatl de la Fuerza Armada de El Salvador, bajo las órdenes del coronel René Emilio Ponce, dentro del campus de la UCA.