Los asesinatos atrajeron la atención internacional a los esfuerzos de los jesuitas y aumentaron la presión internacional para un cese al fuego, uno de los puntos clave que condujeron a un acuerdo negociado para la guerra.

Señalando estos como principal responsable al sacerdote jesuita español Ignacio Ellacuría.

El coronel Inocente Montano, viceministro de Seguridad Pública, dijo que los jesuitas estaban "plenamente identificados con movimientos subversivos".

En las negociaciones para una solución pacífica al conflicto, Ignacio Ellacuría (rector de la universidad) había jugado un papel fundamental.

Los oficiales (miembros del batallón Atlácatl) decidieron disfrazar la operación como un ataque rebelde, usando un rifle AK-47 que había sido capturado por el FMLN.

Los soldados primero intentaron entrar por la fuerza a la residencia de los jesuitas, hasta que los sacerdotes les abrieron las puertas.

Después de ordenar a los sacerdotes que se acostaran boca abajo en el jardín trasero, los soldados registraron la residencia.

Después de que el teniente Guerra diera la orden de matar a los sacerdotes, Ellacuría, Ignacio Martín-Baró y Segundo Montes fueron asesinados a tiros por el soldado Grimaldi, mientras que los padres Amando López y Juan Ramón Moreno fueron asesinados por el sargento adjunto Antonio Ramiro Ávalos Vargas.

El soldado José Alberto Sierra Ascencio le disparó a ambas mujeres nuevamente.

Los soldados sacaron una pequeña maleta que contenía fotografías, documentos y 5000 dólares.

Dejaron un letrero de cartón que decía «El FMLN ejecutó a quienes lo informaron.

Los asesinos también incendiaron y saquearon el Centro Monseñor Romero, como estratagema los autores del crimen dejaron señales y pruebas falsas simulando que los crímenes habían sido cometidos por la guerrilla, lo cual fue descubierto como espurio sin soporte en las posteriores investigaciones.

Preocupadas por su seguridad, Elba y Celina se mudaron a un cuarto vacío en la residencia jesuita, y fueron asesinadas porque el Batallón Atlácatl de Reacción Inmediata no quería dejar testigos.

[7]​ Otro residente jesuita, Jon Sobrino, estaba dando una conferencia sobre teología de la liberación en Bangkok.

Ofreció al periódico las palabras del arzobispo brasileño Hélder Câmara: «Cuando alimento a los hambrientos, me llaman santo.

[11]​ El gobierno de los Estados Unidos, que durante mucho tiempo había brindado ayuda militar al gobierno, pidió al presidente Cristiani que iniciara «la investigación más completa y ciertamente rápida».

Hago un llamamiento urgente para que se ponga fin a la lucha y por un alto el fuego... y pedir que los responsables de estos asesinatos sean llevados ante la justicia lo más rápido posible».

Dijo que «alteró las declaraciones para ocultar la responsabilidad de los oficiales superiores por el asesinato».

El juez Eloy Velasco admitió esta demanda en 2009, sobre la base del principio de justicia universal.

[30]​ Durante el curso de este proceso judicial, un testigo no identificado confesó su propia participación en la masacre e implicó al Alto Mando del Ejército salvadoreño y expresidente Cristiani.

[32]​ Las pruebas puestas a disposición de los periodistas incluyeron notas escritas a mano tomadas durante una reunión del Alto Mando Militar Salvadoreño en la que supuestamente se planeó la masacre, y tanto el Alto Mando militar como el Ejecutivo del país probablemente sabían, si no estaban directamente involucrados en estas reuniones de planificación.

El fallo de la corte española especifica que los jesuitas fueron asesinados por sus esfuerzos para poner fin pacíficamente a la guerra civil salvadoreña.

Consistió inicialmente en una campaña psicológica para deslegitimar a los jesuitas en los medios, acusándolos de conspiración y cooperación con el FMLN.

[35]​[5]​ Los arrestos, sin embargo, no procedieron, primero porque la Corte Suprema de Justicia salvadoreña (CSJ) dijo entonces que la difusión roja solo implicaba para las autoridades locales ubicar a los acusados, no arrestarlos.

[36]​ Las nuevas órdenes internacionales de arresto emitidas en Madrid son contra Juan Orlando Zepeda, Rafael Humberto Larios, Juan Rafael Bustillo, Francisco Elena Fuentes, José Ricardo Espinoza Guerra, Gonzalo Guevara Cerritos, Óscar Mariano Amaya Grimaldi, Antonio Ramiro Ávalos, Ángel Pérez Vásquez, Tomás Zárpate Castillo, José Alberto Sierra Ascensio, Guillermo Alfredo Benavides, Joaquín Arnoldo Cerna, Carlos Mauricio Guzmán Aguilar, Héctor Ulises Cuenca Ocampo y Óscar Alberto León.