En 1846 contrajo nupcias con doña Josefa Conrada Cuesta, procreando con ella 7 hijos varones y tres hijas, una de sus hijas, María del Carmen Alatriste Cuesta fue la madre de los hermanos Natalia, Carmen, Aquiles y Máximo Serdán Alatriste En 1846 fue capitán del regimiento Hidalgo, guardia Nacional del Distrito Federal y en 1847 combatió bravamente al invasor norteamericano.
sin embargo en su ausencia, las tropas conservadoras tomaron la ciudad el 1.º de septiembre, pero retirándose inmediatamente.
El General Alatriste fue designado como segundo al mando, contando con apenas 500 hombres se le ordenó defender al pueblo de Izúcar de Matamoros, donde avanzaban los tropas del conservador Cobos.
Sin embargo ante esta desventaja numérica Alatriste no se intimidó y cumplió las órdenes estrictamente dadas por su superior con la promesa de recibir refuerzos lo más pronto posible.
Se dice que el general Alatriste recibió los tiros diciendo: Si yo tuviese el dinero que me piden habría comprado más parque y ustedes no estarían aquí.