En 2007 se fue al Atlético Madrid y en 2010 pasaría a Nacional de la Primera División Uruguaya.
Luego de sucesivas lesiones en el quinto metatarsiano estando en inferiores y a punto de debutar, Pernía finalmente debuta profesionalmente en el año 2000 en Independiente, donde comenzaría a forjar su carrera deportiva como lateral izquierdo.
Tras dos años jugando para el Getafe, finalmente es transferido en el año 2007 al Atlético Madrid, donde no tendría el brillo que exhibiera en su anterior club, a la vez de haber sufrido un duro accidente de tránsito en el año 2009.
Debutó con la selección en un partido amistoso contra Croacia, previo a la Copa del Mundo, anotando un gol en el minuto 61.
[5] Una fecha más tarde, en octubre de 2011, alcanzaría su primera pole position en el Autódromo Eusebio Marcilla.
[6] Tras su paso por la FLC, en 2012 decide incursionar en TC Pista Mouras, donde inicialmente se presentaría al comando de una unidad Ford Falcon preparada por el equipo JP Racing, debutando en la segunda fecha en el Autódromo Roberto Mouras.
[8][9] Al mismo tiempo, clasificaría entre los 12 postulantes para competir por el título, cerrando el año en la séptima colocación, con dos victorias en su haber.
[10][11] Luego de esta incursión dentro del TC Pista Mouras, en 2013 daría inicio a su participación en Turismo Nacional, donde comenzaría compitiendo al comando de un Chevrolet Corsa del equipo Saturni Competición con el que competiría en las primeras seis fechas.
Su debut lo haría con un Chevrolet Cruze del equipo Arana Ingeniería Sport, con el que competiría en las primeras seis fechas.