Había iniciado su carrera deportiva, al igual que su padre, como futbolista en las divisiones inferiores de Independiente y luego Boca Juniors.
Un año después, emigró hacia los Estados Unidos, para disputar la National Professional Soccer League donde jugó para los Florida ThunderCats y los Harrisburg Heat.
Sin embargo, su carrera deportiva dio un giro de 180 grados cuando en 2000 decidió abandonar definitivamente el fútbol para abocarse al automovilismo.
Había abandonado la actividad para poder desarrollar su carrera futbolística, para luego volcarse al automovilismo, debutando en 2000 en la Clase 2 del Turismo Nacional, categoría en la que se destacara durante varias temporadas.
En esta categoría, compitió en el equipo Tango Competición, propiedad del piloto de rally Marcos Ligato.
Por otro lado, se incorporó a la escudería Las Toscas Racing de TC, logrando así su segunda victoria en Paraná.
En 2014 continuó en TC, donde finalizó 11.º y STC2000, donde fue subcampeón nuevamente con Renault, marca ahora representada por Ambrogio Racing.
[3] En 2015, Pernía obtuvo su tercer subcampeonato de STC2000 consecutivo, esta vez a 5.5 puntos del campeón, Néstor Girolami.
Además, se convirtió en piloto de FP Racing en Turismo Nacional, donde acabó tercero con dos victorias.
Obtuvo tres victorias (Potrero de Los Funes, Concepción del Uruguay y San Luis) y su principal rival, Facundo Chapur, consiguió mayor cantidad de puntos pero no el triunfo necesario para llevarse el campeonato.
Sin embargo, no logró mantener esa consistencia en los playoffs y cayó al sexto puesto del campeonato anual.
Sin embargo, a mitad de temporada perdió un poco la regularidad y es sobrepasado por Matías Rossi en el campeonato.
Sin embargo, en los 200 km de Buenos Aires, junto a Damian Fineschi logra una victoria muy importante para el campeonato.