Reportes diplomáticos británicos provenientes de Egipto, en 1938, informaron de un supuesto complot para derribar a Mussolini, en el cual estaba involucrada María José, junto a políticos monárquicos, liberales y dirigentes fascistas enemistados con el Duce.
Este mensaje, transmitido en 1942, advertía sobre la posibilidad de que los Aliados tendrían un trato benevolente con Italia, si esta rompía su alianza con el Eje.
Ante el peligro de que fuesen capturados por fuerzas alemanas, María José y su familia, fueron internados bajo una fuerte vigilancia por parte del gobierno helvético.
Durante este periodo, apoyó a los partisanos que luchaban contra los nazis en la Lombardía.
Fue sepultada en la Abadía de Hautecombe, en la Saboya francesa junto a su esposo, Humberto II.