María Amalia era la confidente cercana de Carlota, y durante su boda en 1857, llevó una pulsera con un retrato en miniatura de su abuela y mantuvieron correspondencia con regularidad, sobre todo más tarde mientras Carlota se encontraba en México.Carlota tuvo una relación tensa con la emperatriz Isabel, conocida como Sissi, esposa de su cuñado Francisco José I.Aparentemente Carlota sentía rechazo por la profunda conexión que existía entre la emperatriz y Maximiliano.Francia, impaciente en convertir a México en un Estado satélite, buscó un testaferro adecuado para servir como el emperador nominal.La nueva emperatriz intentó, desde un principio, mantener una activa actitud hacia los asuntos políticos.Con un carácter decidido, Carlota intervino en la política imperial (más crítica cada día que pasaba), mientras Maximiliano se evadía en sus proyectos para reformar México.Retomó, con su esposo, el proyecto del monumento a los Héroes de la Independencia que Santa Anna había dejado inconcluso y encargó a Ramón Rodríguez Arangoity la remodelación integral del Zócalo.Promulgó la ley de instrucción pública en la cual se garantizaba la educación primaria, obligatoria y gratuita.La emperatriz había sido educada por su padre el rey Leopoldo I para gobernar, por lo cual contaba con amplios conocimientos en política, geografía, música y artes.Desde el principio los emperadores no pudieron equilibrar sus políticas liberales con la plataforma de los intereses conservadores que les habían llamado a gobernar.Este obstáculo estratégico fue un golpe fatal a la monarquía mexicana y el Imperio se vino abajo.La situación fue exacerbada por un bloqueo de los Estados Unidos que impidió acudir a los refuerzos franceses.Su hermano el príncipe Felipe, conde de Flandes, la tenía examinada por médicos, que la declararon demente.Durante la Primera Guerra Mundial, su propiedad belga fue rodeada por el ejército alemán, pero como Austria fue uno de los aliados principales de Alemania y ella era la cuñada viuda del emperador austriaco, Francisco José, no fue atacada.Un corresponsal estadounidense de la época capturó para la posteridad el letrero que se puso afuera del castillo.[13] Llevaba oculta su identidad con un velo, pero la herbolaria, partidaria de Benito Juárez, la reconoció.Primero: en campo de plata un águila real, devorando una serpiente, posada sobre un nopal doble, plantado en una roca, moviéndose ella misma entre agua calma.
La primera familia real belga, el rey Leopoldo I de Bélgica, la reina Luisa María, el príncipe heredero Leopoldo, el príncipe Felipe, conde de Flandes y la princesa Carlota.
