El gobierno belga refugiado en Londres evitó realizar tales calificaciones hacia su rey, pero se temía que la permanencia de Leopoldo III en territorio bajo ocupación enemiga fuese pretexto para instalar en Bélgica un gobierno con nazis locales, considerando una traición que el monarca aceptase algún día ejercer sus poderes bajo el control de un ocupante extranjero.

Colocado prácticamente en arresto domiciliario en el castillo de Laeken, Leopoldo III evitaba tomar iniciativas políticas públicas que pudieran ser consideradas como colaboracionistas.

Se arguyó en defensa del rey que dicho matrimonio sería postergado hasta la liberación de Bélgica, pero Lilian Baels ya estaba encinta y era preciso adelantar la boda.

Tras la guerra, los Aliados occidentales advirtieron que la opinión pública belga seguía dividida sobre el rol de Leopoldo III durante la ocupación alemana, y por ello se abstuvieron de apoyar su retorno inmediato a Bélgica para así evitar desórdenes internos.

Al faltar una decisión rápida sobre la denominada cuestión real belga, Leopoldo III se instala en Suiza pero sin abdicar.

Pese a esto, ocurren graves altercados en el país que ocasionan tres muertos, mientras en Valonia se hace evidente un masivo rechazo hacia la figura del monarca.

Dedicó el resto de su vida a su pasión, la antropología social, y organizó expediciones científicas a zonas tropicales (Alto Orinoco, en donde se bautizó un lago en su nombre, Darién, Amazonía, Zaire, Senegal) y enriquecerá con sus colecciones el Museo Real de Historia Natural belga.

Sus hijos son: Con Astrid de Suecia: Con Lilian Baels: Asimismo, en 1940, tuvo una hija ilegítima, Ingebord Verdun, con Liselotte Landbeck, campeona de patinaje artístico austriaca, casada con el también patinador belga Robert Verdun.

UU. y, hasta los años 90, no supo quién era su verdadero padre, a pesar de que lo sospechaba desde antes.