También lo nombró párroco de Santa Ana (en Lima), en la que se mantuvo hasta 1822.
Iniciada la lucha por la Independencia, brindó su ayuda a dicha causa.
En 1822 fue elegido diputado por Lima y Cuzco ante el primer Congreso Constituyente de 1822.
[4] Sin embargo, la ciudadanía no apoyó este acto de rebeldía de Riva Agüero y el Congreso se volvió a reunir en Lima.
Arias se reincorporó al mismo y suscribió en agosto de 1823 la protesta contra los actos arbitrarios de Riva Agüero, a quien se despojó de su autoridad, nombrando como nuevo presidente a Torre Tagle.