A partir de 1819 fue el primer conserje del recién fundado Museo del Prado y desempeñó un papel clave en los primeros diez años de la pinacoteca madrileña; labor que ha dado a Eusebi más notoriedad que su faceta creativa.
Para esas fechas, Eusebi había contraído segundas nupcias con una miniaturista local, María del Carmen Macía.
Regresaría junto con su familia a Madrid una vez concluido el conflicto y repuesto como rey Fernando VII.
En dicho escrito Eusebi alude a una obra alegórica sobre La restitución de Fernando VII que había presentado al rey y que le había costado cuatro meses de trabajo; se ignora su paradero actual.
Consultado Vicente López sobre la valía de Eusebi, López respondió que no tenía aptitudes suficientes, y que además era de origen extranjero y no había sido alumno del centro; por lo cual su candidatura fracasó.
Estas publicaciones, inicialmente muy escuetas, eran esenciales como guías de mano para orientar a los visitantes ya que los museos mostraban las pinturas sin cartelas ni textos explicativos, únicamente con sus números de inventario indicados en los marcos.
En 1823 Eusebi publicó una nueva versión del catálogo del Museo Real, en este caso en francés, en atención a las tropas venidas de Francia para apoyar a Fernando VII (los llamados Cien mil hijos de San Luis).
Estos dos últimos maestros proporcionaron a Eusebi breves textos autobiográficos para el libro.
En él, Eusebi incluye opiniones personales sobre varios artistas; ensalza sobre todo a Rafael, pero también emite juicios favorables sobre Diego Velázquez y Bartolomé Esteban Murillo, autores aún entonces poco tratados en los libros de arte.
Logró que tales cuadros pasasen al actual Prado, si bien se mantuvieron reunidos en una sala de acceso restringido.